7 września 1993 r. Szydłowo nawiedził papież Jan Paweł II, powierzając Litwę opiece Najświętszej Maryi Panny. Ojciec Święty modlił się w Kaplicy Objawienia Najświętszej Maryi Panny, wziął udział w Liturgii Słowa odprawionej w Bazylice Narodzenia Najświętszej Maryi Panny.

W 2003 roku szydłowski obraz Madonny z Dzieciątkiem, po dokładnej restauracji, został uroczyście umieszczony w ołtarzu głównym bazyliki. W 2006 roku wizerunek otrzymał korony poświęcone przez papieża Benedykta XVI.

W 2003 r., podczas tradycyjnego odpustu i z okazji dziesięciolecia wizyty papieskiej w Szydłowie, abp Sigitas Tamkevičius poświęcił Dom Jana Pawła II, w którym odbywają się kursy przygotowawcze dla kandydatów do seminarium duchownego oraz rekolekcje.

W celu upamiętnienia wizyty Jana Pawła II w Szydłowie, na jej piętnastolecie – w 2008 r. – na placu łączącym bazylikę i Kaplicę Objawienia został wzniesiony pomnik papieża autorstwa Czesława Dźwigaja, profesora Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie. Imieniem Jana Pawła II została wówczas nazwana ulica przy placu.

W 2007 r. parafia szydłowska świętowała 550 rocznicę swego istnienia.

W dniach 6-15 września 2008 r. uroczyście obchodzono 400-lecie objawienia Matki Boskiej w Szydłowie. W uroczystościach wziął udział wysłany przez papieża Benedykta XVI jego przedstawiciel – kardynał Joachim Meisner. W czasie tych obchodów Szydłowo odwiedziło do 150 tys. pątników z Litwy, z krajów sąsiednich, a nawet z dalszych państw Europy, Ameryki,  Australii, pojedynczy pielgrzymi z Azji i Afryki. Wtedy wieść o Szydłowie rozniosła się szeroko po świecie: wiadomość o Objawieniu Najświętszej Maryi Panny i o bazylice w Szydłowie przekazywały światowe agencje informacyjne.  Pierwszy raz w historii Szydłowa odbyło się tu nabożeństwo ekumeniczne z udziałem przedstawicieli różnych wyznań chrześcijańskich.

W ramach przygotowań do obchodów jubileuszu, z inicjatywy abp. Kowna S. Tamkevičiusa udało się zrealizować jeszcze przedwojenny pomysł, który zakładał połączenie bazyliki i Kaplicy Objawienia w jedną przestrzeń sakralną. Wszystko to stało się możliwe dzięki wsparciu darczyńców i sponsorów.

Na odnowionym placu oprócz pomnika Jana Pawła II została zamontowana dokładna brązowa kopia starej rzeźby Najświętszej Maryi Panny, zbudowano Centrum Informacji Pielgrzyma, w którym zostało otwarte Historyczne Muzeum Szydłowa.

Po obu stronach placu zamontowano artystyczne kaplice różańcowe w formie słupów, do osobistego odmawiania różańca, są prowadzone prace odnawiania bazyliki i Kaplicy Objawienia, której biała, z daleka widoczna 44-metrowa wieża, wskazuje drogę przybywającym pątnikom.

Zgodnie z dekretem biskupa S. Tamkevičiusa od 2009 roku w każdy ostatni piątek miesiąca w Szydłowie są organizowane Dni Chorych.

Na mocy dekretu Arcybiskupa i metropolity Kowna Sigitasa Tamkevičiusa z 9 kwietnia 2009 roku, w odpowiedzi na szczerą pobożność wierzących oraz w celu rozpowszechniania orędzia objawienia Najświętszej Maryi Panny w Szydłowie, została powołana wspólnota Najświętszej Maryi Panny z Szydłowa.

Od 2011 roku początek obchodów odpustu w Szydłowie został przeniesiony na 7 września (dotychczas obchodzony od 8 września) i trwa jak zwykle do 15 września. Pierwszy dzień odpustu w Szydłowie jest poświęcony  papieżowi Janowi Pawłowi II, który akurat 7 września 1993 roku nawiedził Szydłów.

W 2013 roku została urządzona ścieżka pielgrzymów z 14 stacjami Drogi Krzyżowej. Jej poświęcenia dokonano 25 sierpnia tegoż roku. Jest to prawie dwukilometrowa ścieżka wiodąca przez las w Szydłowie do Kaplicy Objawienia.

W 2016 roku z okazji Roku Miłosierdzia w Szydłowskiej bazylice otwarto Drzwi Miłosierdzia.