1993 m. rugsėjo 7 d. Šiluvą aplankė popiežius šv. Jonas Paulius II. Šventasis Tėvas meldėsi Šiluvos Švč. M. Marijos Apsireiškimo koplyčioje, dalyvavo Dievo žodžio liturgijoje Švč. M. Marijos Gimimo bazilikoje.

Popiežius, tarsi atkartodamas Mergelės Marijos per apsireiškimą piemenėliams perduotą žinią, sakė, kad Marija visą savo gyvenimą kreipė į Kristų. Tai daryti ji kviečia ir mus: „Darykite, ką tik jis jums lieps“ (Jn 2, 5). „Kanoje išprašei, kad Tavo Sūnus vandenį paverstų vynu. Padėk lietuvių tautai skausmingą praeities patirtį paversti džiugia ateitimi“, – meldė Šventasis Tėvas Šiluvoje.

2003 m. į Šiluvos bazilikos didįjį altorių po restauracijos buvo sugrąžintas maloningasis Švč. Mergelės Marijos su Kūdikiu paveikslas, 2006 metais vainikuotas popiežiaus Benedikto XVI palaimintomis karūnomis.

2003 m., per Šilinių atlaidus, Šventojo Tėvo apsilankymo dešimtmečio proga arkivyskupas Sigitas Tamkevičius SJ pašventino Jono Pauliaus II namus, šiandien tarnaujančius kunigų ir kitų tikinčiųjų dvasiniam ugdymui, įvairių Lietuvos bendruomenių ir asmeninėms rekolekcijoms, seminarams, priima piligrimus nakvynei.

2008 m. Šiluvoje švenčiant Švč. M. Marijos apsireiškimo 400 metų jubiliejų sakralioje aikštėje atidengtas popiežiaus Jono Pauliaus II paminklas viešnagės Lietuvoje 15 metų sukakčiai atminti (autorius – Krokuvos dailės akademijos prof. Czesław Dźwigaj); šio popiežiaus vardu tada pavadinta ir šalia aikštės einanti gatvė.

2007 m. Šiluvos parapija minėjo 550 m. įsteigimo jubiliejų.

2008 m. rugsėjo 6–15 d. iškilmingai švenčiant Švč. M. Marijos apsireiškimo 400 metų jubiliejų, Šiluvoje lankėsi Šventojo Tėvo Benedikto XVI pasiuntinys Kelno arkivyskupas kardinolas Joachimas Meisneris.

Per 10 Jubiliejaus dienų Šiluvoje apsilankė iki 150 tūkst. maldininkų ne tik iš Lietuvos, bet ir iš artimesnių bei tolimesnių Europos, Amerikos šalių, Australijos žemyno, pavieniui – iš Azijos bei Afrikos. Kaip tik tada garsas apie Šiluvą plačiai pasklido pasaulyje: žinią apie Marijos apsireiškimą bei Šiluvos šventovę tada išplatino pasaulinės naujienų agentūros. Pirmąkart Šiluvos istorijoje, menančioje ankstesnius konfesinius nesutarimus, tada vyko ekumeninės pamaldos, kuriose dalyvavo kelių krikščioniškų Bažnyčių ir bendruomenių atstovai.

Rengiantis Jubiliejui Kauno arkivyskupo S. Tamkevičiaus rūpesčiu bei iniciatyva, Kauno arkivyskupijos bendruomenės, įvairių rėmėjų bei aukotojų parama buvo įgyvendintas dar prieškario sumanymas Šiluvos baziliką sujungti su Apsireiškimo koplyčia, įrengiant sakralią erdvę.

Atnaujintoje aikštėje, be jau minėto šv. Jono Pauliaus II atminimo įamžinimo, buvo pastatyta atnaujinta Švč. M. Marijos skulptūra, tiksli bronzinė ankstesniosios kopija. Buvo pastatytas Piligrimų informacijos centras, jame atidarytas Šiluvos istorijos muziejus. Abipus aikštės pastatyti maldai tarnaujantys meniški Rožinio koplytstulpiai, pamažu restauruojama Bazilika ir Apsireiškimo koplyčia, kurios baltasis, 44 metrų aukščio bokštas iš toli pasitinka ir mūsų dienomis į Šiluvą atkeliaujančius maldininkus.

2009 m. Kauno arkivyskupo S. Tamkevičiaus dekretu paskutiniais mėnesių penktadieniais Šiluvoje rengiamos Ligonių dienos.

2009 m. balandžio 9 d. Kauno arkivyskupo metropolito Sigito Tamkevičiaus dekretu, atsiliepiant į nuoširdų tikinčiųjų pamaldumą bei siekiant dar plačiau skleisti Švč. Mergelės Marijos apsireiškimo Šiluvoje žinią, įsteigta Šiluvos Švenčiausiosios Mergelės Marijos draugija.

2011 m. Šilinės pradedamos švęsti rugsėjo 7-ąją (iki šiol atlaidai prasidėdavo rugsėjo 8-ąją) ir baigiamos kaip įprastai, rugsėjo 15-ąją. Pirmoji Šilinių diena nuo šiol visuomet skiriama popiežiui šv. Jonui Pauliui II, kuris kaip tik 1993-ųjų rugsėjo 7-ąją lankėsi Šiluvoje. 

2013 m. įrengtas ir rugpjūčio 25 d. pašventintas Piligrimų takas su 14 Kryžiaus kelio stočių. Tai maždaug 2 km kelias per Šiluvos šilą, vedantis į Apsireiškimo koplyčią.

2016 m. ypatingojo Gailestingumo jubiliejaus proga Šiluvos bazilikoje atvertos Gailestingumo durys.